Por otro lado, los efluentes en forma líquida se realizan de manera controlada a través del canal de descarga.

    La incidencia de estos vertidos sobre el medio ambiente es apenas perceptible y, de hecho, ciudades españolas tan distantes y diferentes entre sí como Huelva, Sevilla, Santander, Badajoz, San Sebastián o Murcia, por poner algún ejemplo, soportan dosis de radiación natural superiores a las tasas de la zona más próxima a la central de Garoña.

     En el año 2021, la dosis debida a los efluentes de la central ha sido 0.00000252 mSv/año.
Para controlar esta incidencia se aplica una normativa internacional muy exigente que determina los límites y controla de forma rigurosa la emisión de efluentes líquidos y gaseosos de cada instalación nuclear.